Hele projektet tog sin begyndelse på et universitet i Finland omkring 1990. Linus Torvalds tog et UNIX kursus på universitetet. Da han ikke havde råd til at købe en kommerciel UNIX, valgte han at bruge Minix. Minix er skrevet af professor Andrew S. Tanenbaum ved Vrije Universitetet i Holland. Kildeteksten til dette system fulgte med, men Linus var ikke tilfreds med det - hverken design eller performance. Hans projekt, som den hacker han jo er, gik derfor ud på at lave en bedre Minix end Minix. I øvrigt ville Linus først have kaldt det for FREIX, en kombination af freak og UNIX, men personen, som administrerede ftp-serveren, hvorfra Linus offentliggjorde systemet syntes, at Linux var bedre.
I modsætning til andre var Linus visionær og havde en god timing. Den 25. august 1991 indbød han gennem en nyhedsgruppe på det meget spæde Internet andre til at deltage i projektet. Han overdrev ikke om, hvad han havde lavet indtil da: "...it will probably never support anything other than AT-harddisks". Der er sket meget siden, hvor Linus og mange tusinde softwareudviklere fra hele verden har været med til at skabe et professionelt multitaskingsystem. I dag er der understøttelse af en utrolig stor mængde hardware og til mange platforme ud over PC.
Kendetegnet for det nye Linux-projekt var, at det skulle være et frit UNIX-lignende styresystem til Intel 80386 maskiner, og at enhver skulle have lov til at arbejde med kildeteksten og lave tilføjelser. Hvis andres tilføjelser til kildeteksten gjorde, at Linux virkede bedre, blev en ny version af Linux frigivet med tilføjelserne.
Linux version 0.01, der blev frigivet 17. september 1991, kunne oversættes på en Minix-maskine og var ikke andet end et stykke legetøj. Tingene tog dog hurtigt fart: 5. oktober 1991 blev Linux version 0.02 annonceret - en kommandofortolker (BASH) og en frit tilgængelig C-oversætter (GNU C compiler) kørte, men ikke meget mere. Linux var stadig afhængig af Minix, og Linus' vurdering var på det tidspunkt, at det nok mest var et hobbyprojekt, da Linus forventede, at en anden fri UNIX - med navnet HURD - snart ville blive frigivet. HURD skulle være bedre designet end Linux, men er i skrivende stund stadig ikke klar til almindelig brug! Mottoet er tilsyneladende: "Den, der venter på noget godt, venter aldrig for længe". I mellemtiden har historien vist, at Linux var værd at satse på
Kort før julen 1991 blev version 0.11 frigivet, og nu var Linux et selvstændigt system. Minix var ikke længere nødvendig. På det tidspunkt blev der frigivet nye versioner ca. hver 14. dag eller oftere. Kernen var hverken fejlfri eller fuldt udviklet. Det var virkelig et system fra dengang, hvor "Mænd var mænd og skrev deres egne device-drivere" - citat Linus Torvalds.
Derefter gik det slag i slag under dygtig ledelse af Linus selv. Allerede to år senere havde Linux virkelig taget form. Der var allerede på det tidspunkt gratis Linux-distributioner til rådighed på Internettet. På den måde kunne man nu installere styresystemet, et hav af UNIX-værktøjer, LaTeX (til at skrive rapporter) samt oversættere til Pascal, C, og C++. X vinduesystemet kørte næsten stabilt. Selve kernen var i starten af 1994 ved at nå den magiske version 1.00, som var det første stabile mål. Siden hen er udviklingstempoet mangedoblet, og nye kerner kommer ofte. Normalt er det ikke nødvendigt at følge med dette tempo, men det understreger den rivende udvikling, der er i gang. Understøttelse af ny hardware kommer meget hurtigt. Udviklingen sker jo i en dynamisk verden med nem og hurtig kontakt vha. e-post mellem alle, som deltager i udviklingen af fremtidens Linux-systemer.
Det kan nævnes, at i 1992 var der ca. 1000 personer, som kørte Linux, og kildeteksten til Linux kernen var på ca. 40.000 linjers tekst. I dag (januar 2000) med Linux kerne 2.2.14, er kerneteksten vokset til over 1.5 millioner linjer, og den indeholder over 42 millioner tegn. Antallet af Linux-brugere er tilsvarende vokset til mellem 10 og 20 millioner.
Endelig skal det retfærdigvis også nævnes, at Linux aldrig har fået så stor succes, hvis det ikke var for GNU software (se GNU logoet i Figur 1-2). GNU er en samling af højkvalitetssoftware, udviklet af Free Software Foundation (FSF). FSF ledes af Richard M. Stallman (RMS), som startede og er hoveddrivkraft i udviklingen af GNU Emacs (en stærk editor) og GNU C compileren. GNU software er i dag et vigtig hjørnesten af alle Linux distributioner.