Til Linux findes der en stor mængde applikationer. Det går lige fra små smarte tekstformateringsprogrammer med få linjers kode og op til meget store tekstbehandlingssystemer. De allerfleste programmer til Linux er gratis og beskyttet af en Open Source lignende licens. Men som man måske ikke skulle tro, kan der købes programmer til Linux. Af hensyn til det frie og uafhængige grundlag for Linux vil disse aldrig udgøre kernen i et Linux-system, men de vil altid være mulige tilføjelser.
Programmer som ApplixWare og Matlab er kommercielle og sælges kun i binær form, som det kendes fra andre styresystemer. En variant af denne salgsform findes for kontorpakken StarOffice. Den kan downloades gratis fra Internettet til personlig brug, men det må ikke videregives, og da det fylder ca. 65 MB, kan firmaet bag StarOffice (SUN) tjene på at sælge den på CDROM. Database-firmaer som Oracle og Informix har frigivet udgaver af deres systemer til Linux, og de er ikke Open Source.
Corel meddelte i oktober 1998, at WordPerfect bliver frigjort til gratis download i en næsten 100% fuld version (den er gratis for private, mens firmaer må betale). Programmet skal registreres inden for 3 måneder. Programmet findes kun i binær form, men det er et meget flot træk af et firma, som har meldt ud, at Linux er en kerneplatform, som skal understøttes. Lige før jul 1998 kom så den gratis version. Mere end 250.000 Linux brugere havde efter en uge downloaded denne version af WordPerfect. Se mere på http://linux.corel.com.
Med Linux skal du hyppigt køre programmer med en stribe parametre, som skal indtastes. Derfor er xterm vigtig at kende. Programmet xterm er et simpelt grafisk program, hvor du kan skrive kommandoer til den valgte shell (typisk bash).
Der er et par funktioner i xterm, som er uhyre nyttige at kende. Tryk Ctrl og venstre/midterste museknap over en xterm for at sætte en række indstillinger, f.eks. om der skal være scroll-bar på vinduets kant og lignende. Ctrl og højre musetast anvendes til at ændre fontstørrelsen efter behov. Du skal også vide, at du kan afslutte din shell (bash), dvs. den fortolker, som håndterer, hvad du skriver af kommandoer, ved at trykke Ctrl-D eller skrive exit.
Både til GNOME og KDE findes der særlige programmer, som i funktionalitet minder om xterm. Til GNOME findes f.eks. gnome-terminal. Ved at benytte gnome-terminal, når du bruger GNOME, får du en mere ensartet brugergrænseflade. Du vil endvidere bemærke en række menupunkter øverst i vinduet. Her kan du indstille din gnome-terminal på mange forskellige måder, f.eks. kan du have et grafikbillede som baggrund. Til KDE findes der tilsvarende kvt og konsole.